澎湖科技大學積極發展風力發電與太陽光電，再生能源容量占全校用電量的13％，傳統用電逐年降低；前校長林輝政認為，再生能源在澎湖將是高獲利產業，預估未來每年的產值高達135億元。
綠能產業是目前澎湖科技大學產學合作的重點項目，學校整合相關科系，並和其他試驗研究機關合作，成立「低碳島研究中心」，推動風力及太陽光電發電系統的研發、試驗和教育訓練；澎湖科技大學表示，最近3年，經濟部能源局補助學校裝置太陽光電系統，每年省下30萬度電、減碳18萬4千多公斤，加上「風車公園」（見圖）的風力發電，再生能源已占學校契約用電的1成3，澎科大計畫在5年內提升到3成。
澎科大前校長、現任臺灣大學教授林輝政看好風力發電的產業前景，他說，澎湖風電設備滿載量的日子，每年占45％左右，領先許多國家，推估臺灣在陸上風電，如果以120MW來算，投資72億，每度電平均2.61元，每年可產出17億，大約5年可回本；在離岸風電方面，以600MW估算，投資600億，每年產值118億，兩邊加總就達到135億元。
他指出，配合民國105年臺灣澎湖之間海底電纜完工，電力將透過電纜輸送到臺灣，能夠節省購買原油外匯、節能減碳，同時吸引相關產業進駐。
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